J. Taroni 2018
We’d like to try out some heuristics for automatically detecting platforms from the probe identifiers. We’ll need to sample the available series to see what’s available in GEO.
Important limitations:
`%>%` <- dplyr::`%>%`
# directory that contains the list of series for each platform
series.dir <- file.path("data", "series_lists")
files <- list.files(series.dir, full.names = TRUE)We’ll grab 30 series from each of the 4 Illumina Human (whole genome) platforms.
GetSampleSeriesDF <- function(filename, seed = 12345, n = 30) {
set.seed(seed)
df <- readr::read_tsv(filename)
# only want things with supplemental files, drop methylation (IDAT)
# found some instances of CEL files, so restrict to TXT
filt.df <- df %>%
dplyr::filter(`Supplementary Types` == "TXT")
sample.index <- sample(x = 1:nrow(filt.df), size = n)
sampled.df <- filt.df[sample.index, ]
}set.seed(5)
seeds <- sample(1:10000, length(files))sample.df.list <- list()
for (seed.index in seq_along(seeds)) {
fl <- files[seed.index]
sample.df.list[[fl]] <- GetSampleSeriesDF(filename = fl,
seed = seeds[seed.index])
}Parsed with column specification:
cols(
Accession = col_character(),
Title = col_character(),
`Series Type` = col_character(),
Taxonomy = col_character(),
`Sample Count` = col_integer(),
Datasets = col_character(),
`Supplementary Types` = col_character(),
`Supplementary Links` = col_character(),
`PubMed ID` = col_character(),
`SRA Accession` = col_character(),
Contact = col_character(),
`Release Date` = col_character()
)
Parsed with column specification:
cols(
Accession = col_character(),
Title = col_character(),
`Series Type` = col_character(),
Taxonomy = col_character(),
`Sample Count` = col_integer(),
Datasets = col_character(),
`Supplementary Types` = col_character(),
`Supplementary Links` = col_character(),
`PubMed ID` = col_character(),
`SRA Accession` = col_character(),
Contact = col_character(),
`Release Date` = col_character()
)
Parsed with column specification:
cols(
Accession = col_character(),
Title = col_character(),
`Series Type` = col_character(),
Taxonomy = col_character(),
`Sample Count` = col_integer(),
Datasets = col_character(),
`Supplementary Types` = col_character(),
`Supplementary Links` = col_character(),
`PubMed ID` = col_character(),
`SRA Accession` = col_character(),
Contact = col_character(),
`Release Date` = col_character()
)
Parsed with column specification:
cols(
Accession = col_character(),
Title = col_character(),
`Series Type` = col_character(),
Taxonomy = col_character(),
`Sample Count` = col_integer(),
Datasets = col_character(),
`Supplementary Types` = col_character(),
`Supplementary Links` = col_character(),
`PubMed ID` = col_character(),
`SRA Accession` = col_character(),
Contact = col_character(),
`Release Date` = col_character()
)lapply(sample.df.list, dim)$`data/series_lists/GPL10558_series.tsv`
[1] 30 12
$`data/series_lists/GPL2507_series.tsv`
[1] 30 12
$`data/series_lists/GPL6102_series.tsv`
[1] 30 12
$`data/series_lists/GPL6947_series.tsv`
[1] 30 12dir.create("results") 'results' already existsfor (list.index in seq_along(sample.df.list)) {
new.fl <- file.path("results",
sub("data/series_lists", "",
sub("series.tsv", "series_sampled.tsv",
names(sample.df.list)[list.index])))
readr::write_tsv(sample.df.list[[list.index]], path = new.fl)
# if there are any "non-normalized" files... we're gonna want to wget them
urls <- paste(sample.df.list[[list.index]]$`Supplementary Links`,
"*non*", sep = "/")
readr::write_lines(urls, path = sub("sampled.tsv", "urls", new.fl))
}# Human-6 v1
mkdir -p data/series_non-normalized/GPL2507
FILE="results/GPL2507_series_urls"
while IFS=' ' read -r url
do
wget --directory-prefix="data/series_non-normalized/GPL2507" $url
done < "$FILE"
# Human-6 v2
mkdir -p data/series_non-normalized/GPL6102
FILE="results/GPL6102_series_urls"
while IFS=' ' read -r url
do
wget --directory-prefix="data/series_non-normalized/GPL6102" $url
done < "$FILE"
# HumanHT-12 v3
mkdir -p data/series_non-normalized/GPL6947
FILE="results/GPL6947_series_urls"
while IFS=' ' read -r url
do
wget --directory-prefix="data/series_non-normalized/GPL6947" $url
done < "$FILE"
# HumanHT-12 v4
mkdir -p data/series_non-normalized/GPL10558
FILE="results/GPL10558_series_urls"
while IFS=' ' read -r url
do
wget --directory-prefix="data/series_non-normalized/GPL10558" $url
done < "$FILE"--2018-05-17 11:51:06-- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE8nnn/GSE8632/suppl/*non*
=> ‘data/series_non-normalized/GPL2507/.listing’
Resolving ftp.ncbi.nlm.nih.gov... 130.14.250.10
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov|130.14.250.10|:21... connected.
Logging in as anonymous ... Logged in!
==> SYST ... done. ==> PWD ... done.
==> TYPE I ... done. ==> CWD (1) /geo/series/GSE8nnn/GSE8632/suppl ... done.
==> PASV ... done. ==> LIST ... done.
0K 217K=0.001s
2018-05-17 11:51:06 (217 KB/s) - ‘data/series_non-normalized/GPL2507/.listing’ saved [143]
Removed ‘data/series_non-normalized/GPL2507/.listing’.
No matches on pattern ‘*non*’.
--2018-05-17 11:51:06-- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE15nnn/GSE15316/suppl/*non*
=> ‘data/series_non-normalized/GPL2507/.listing’
Resolving ftp.ncbi.nlm.nih.gov... 130.14.250.10
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov|130.14.250.10|:21... connected.
Logging in as anonymous ... Logged in!
==> SYST ... done. ==> PWD ... done.
==> TYPE I ... done. ==> CWD (1) /geo/series/GSE15nnn/GSE15316/suppl ... done.
==> PASV ... done. ==> LIST ... done.
0K 61.8K=0.002s
2018-05-17 11:51:07 (61.8 KB/s) - ‘data/series_non-normalized/GPL2507/.listing’ saved [144]
Removed ‘data/series_non-normalized/GPL2507/.listing’.
No matches on pattern ‘*non*’.
--2018-05-17 11:51:07-- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE5nnn/GSE5422/suppl/*non*
=> ‘data/series_non-normalized/GPL2507/.listing’
Resolving ftp.ncbi.nlm.nih.gov... 130.14.250.10
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov|130.14.250.10|:21... connected.
Logging in as anonymous ... Logged in!
==> SYST ... done. ==> PWD ... done.
==> TYPE I ... done. ==> CWD (1) /geo/series/GSE5nnn/GSE5422/suppl ... done.
==> PASV ... done. ==> LIST ... done.
0K 22.7K=0.006s
2018-05-17 11:51:07 (22.7 KB/s) - ‘data/series_non-normalized/GPL2507/.listing’ saved [143]
Removed ‘data/series_non-normalized/GPL2507/.listing’.
No matches on pattern ‘*non*’.
--2018-05-17 11:51:07-- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE17nnn/GSE17241/suppl/*non*
=> ‘data/series_non-normalized/GPL2507/.listing’
Resolving ftp.ncbi.nlm.nih.gov... 130.14.250.10
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov|130.14.250.10|:21... connected.
Logging in as anonymous ... Logged in!
==> SYST ... done. ==> PWD ... done.
==> TYPE I ... done. ==> CWD (1) /geo/series/GSE17nnn/GSE17241/suppl ... done.
==> PASV ... done. ==> LIST ... done.
0K 114K=0.005s
2018-05-17 11:51:07 (114 KB/s) - ‘data/series_non-normalized/GPL2507/.listing’ saved [609]
Removed ‘data/series_non-normalized/GPL2507/.listing’.
--2018-05-17 11:51:07-- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE17nnn/GSE17241/suppl/GSE17241_non-normalized_set1.txt.gz
=> ‘data/series_non-normalized/GPL2507/GSE17241_non-normalized_set1.txt.gz’
==> CWD not required.
==> PASV ... done. ==> RETR GSE17241_non-normalized_set1.txt.gz ... done.
Length: 1099674 (1.0M)
0K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 862K 1s
50K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 2.81M 1s
100K .......... .......... .......... .......... .......... 13% 4.57M 1s
150K .......... .......... .......... .......... .......... 18% 4.78M 0s
200K .......... .......... .......... .......... .......... 23% 4.13M 0s
250K .......... .......... .......... .......... .......... 27% 2.45M 0s
300K .......... .......... .......... .......... .......... 32% 5.03M 0s
350K .......... .......... .......... .......... .......... 37% 3.13M 0s
400K .......... .......... .......... .......... .......... 41% 3.67M 0s
450K .......... .......... .......... .......... .......... 46% 3.08M 0s
500K .......... .......... .......... .......... .......... 51% 4.94M 0s
550K .......... .......... .......... .......... .......... 55% 3.28M 0s
600K .......... .......... .......... .......... .......... 60% 5.03M 0s
650K .......... .......... .......... .......... .......... 65% 3.94M 0s
700K .......... .......... .......... .......... .......... 69% 4.50M 0s
750K .......... .......... .......... .......... .......... 74% 5.22M 0s
800K .......... .......... .......... .......... .......... 79% 4.11M 0s
850K .......... .......... .......... .......... .......... 83% 4.48M 0s
900K .......... .......... .......... .......... .......... 88% 4.88M 0s
950K .......... .......... .......... .......... .......... 93% 5.04M 0s
1000K .......... .......... .......... .......... .......... 97% 4.26M 0s
1050K .......... .......... ... 100% 3.65M=0.3s
2018-05-17 11:51:08 (3.38 MB/s) - ‘data/series_non-normalized/GPL2507/GSE17241_non-normalized_set1.txt.gz’ saved [1099674]
--2018-05-17 11:51:08-- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE17nnn/GSE17241/suppl/GSE17241_non-normalized_set2.txt.gz
=> ‘data/series_non-normalized/GPL2507/GSE17241_non-normalized_set2.txt.gz’
==> CWD not required.
==> PASV ... done. ==> RETR GSE17241_non-normalized_set2.txt.gz ... done.
Length: 1140542 (1.1M)
0K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 1.15M 1s
50K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 3.40M 1s
100K .......... .......... .......... .......... .......... 13% 4.69M 0s
150K .......... .......... .......... .......... .......... 17% 4.12M 0s
200K .......... .......... .......... .......... .......... 22% 4.19M 0s
250K .......... .......... .......... .......... .......... 26% 4.99M 0s
300K .......... .......... .......... .......... .......... 31% 4.21M 0s
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850K .......... .......... .......... .......... .......... 80% 4.58M 0s
900K .......... .......... .......... .......... .......... 85% 3.69M 0s
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1050K .......... .......... .......... .......... .......... 98% 4.42M 0s
1100K .......... ... 100% 4.75M=0.3s
2018-05-17 11:51:08 (3.66 MB/s) - ‘data/series_non-normalized/GPL2507/GSE17241_non-normalized_set2.txt.gz’ saved [1140542]
--2018-05-17 11:51:08-- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE17nnn/GSE17241/suppl/GSE17241_non-normalized_set3.txt.gz
=> ‘data/series_non-normalized/GPL2507/GSE17241_non-normalized_set3.txt.gz’
==> CWD not required.
==> PASV ... done. ==> RETR GSE17241_non-normalized_set3.txt.gz ... done.
Length: 4153668 (4.0M)
0K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 654K 6s
50K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 3.68M 4s
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4050K ...... 100% 3.09M=1.0s
2018-05-17 11:51:09 (3.99 MB/s) - ‘data/series_non-normalized/GPL2507/GSE17241_non-normalized_set3.txt.gz’ saved [4153668]
--2018-05-17 11:51:09-- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE17nnn/GSE17241/suppl/GSE17241_non-normalized_set4.txt.gz
=> ‘data/series_non-normalized/GPL2507/GSE17241_non-normalized_set4.txt.gz’
==> CWD not required.
==> PASV ... done. ==> RETR GSE17241_non-normalized_set4.txt.gz ... done.
Length: 4136866 (3.9M)
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100K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 4.40M 2s
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